La comptabilité publique béninoise est en général incomplète, peu fiable et les comptes ne sont pas souvent à jour. Les comptes de l’exercice fiscal 1998 sont les premiers à être produits depuis plusieurs années.

Jusqu’en 2000, les comptes du gouvernement étaient notoirement incomplets, car ils ne contenaient pas les dépenses liées aux investissements publics, provenant de l’aide et des dons extérieurs et du service de la dette extérieure. Cette situation s’est améliorée à partir de l’année fiscale 2001.

En effet, la DGB a mis en place le 1er janvier 2001 un système budgétaire informatisé, le Système Informatisé de Gestion des Finances Publiques (SIGFIP).

La Coopération Française aide la DGB à mettre au point un logiciel comptable de gestion qui devrait en principe être entièrement intégré au logiciel du système de gestion budgétaire. A l’heure actuelle, aucune date n’est prévue pour l’achèvement du logiciel du Trésor et pour son intégration avec le logiciel budgétaire.