Instituée par l’Ordonnance N°28/PR- MJI/MFAEP du 2 Août 1967, l’Agence Judiciaire du Trésor placée sous autorité du Ministre des Finances était un instrument de coopération entre ce dernier et le Garde des Sceaux, Ministre de la justice, de la législation et des Droits de l’Homme en matière de défense des intérêts de l’État devant les juridictions.

La vie de l’Agence a été marquée par plusieurs mutations.
En effet, elle a été d’abord rattachée à la personne du Ministre des finances (confère l’Ordonnance N°28/ PR- MJI/MFAEP du 28 Août 1967) puis est devenue une Direction Technique de la Direction Générale du Trésor et de la Comptabilité Publique (confère décret N°93-44 du 11 Mars 1993 portant Attributions, Organisation et Fonctionnement du Ministère des Finances.

Le tournant véritable dans la vie de l’Agence a été marqué par la prise du décret N° 99-514 du 02 No vembre 1999 portant Organisation Attributions et Fonctionnement du Ministère des Finances et de l’Économie qui est de nouveau rattaché l’Agence au cabinet du Ministre et par le décret 2000-266 du 22 Mai 2000 portant Attributions, Organisation et Fonctionnement de l’Agence qui a été pris en application de l’article 14 de l’Ordonnance N°28fPR -MJIJ MFEAP du 28 Août 1967.